1、水解位置不同

核酸内切酶是一类能从DNA分子中间水解磷酸二酯键,从而切断双链DNA的核酸水解酶。核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。

2、切点要求不同

核酸内切酶的切点大多很严格，要求专一的核苷酸顺序，即识别顺序。而核酸外切酶的切点要求比较低。

3、分类不同

核酸内切酶可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶，以及RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。

可大致分为水解磷酸二酯键的3′端生成5′-单核苷酸的酶，及水解5′端生成3′-单核苷酸的酶。前者有蛇毒磷酸二酯酶及大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ等；后者有脾脏磷酸二酯酶、嗜酸乳杆菌核酸酶。

参考资料搜狗百科-核酸内切酶

搜狗百科-核酸外切酶