1842年，达尔文提出的珊瑚礁成因的“沉降说”认为，珊瑚礁的形成经历了三个发育阶段：

首先，在岛屿（尤其是火山岛屿）沿岸形成环绕海岸并与岛屿相连的岸礁；第二阶段，岛屿略微下沉，珊瑚则与沉降速率保持同步向上生长，由于外缘海况条件好，珊瑚礁增长快于内侧，结果珊瑚礁与海岸分开，中间隔以澙湖，形成堡礁；第三阶段,岛屿全部沉降入海，珊瑚仍向上生长，形成环绕澙湖的环礁。这一理论的地质背景是火山岛不断下沉，所以又称为“礁基沉降说”。达尔文还指出，某些环礁可在平坦的沉降台阶上形成，不必经过堡礁阶段；浅滩可直接由珊瑚生长发育成环礁，而无需发生沉降运动。沉降说将珊瑚礁三种主要类型密切联系成一完整的发生系列，获得不少学者的支持。1950～1952年在马绍尔群岛埃尼威托克环礁钻探，分别在1267米和1405米遇到玄武岩基底。由于珊瑚只能生长在浅水区，可见生长基底曾下沉1000余米。对于大洋环礁来说，沉降说是可信的。珊瑚礁与地壳运动有关。正常情况下，珊瑚礁形成于低潮线以下50米以浅的海域，高出海

面者无疑是地壳上升或海平面下降的反映；反之，50米以深或覆盖在平顶海山上的巨厚珊瑚礁灰岩，则标志该处地壳下沉。根据珊瑚礁灰岩的产状、厚度和分布等特点，还可以了解地壳运动的性质和特点。地槽区因地壳活动频繁，升降幅度也大，常常会形成巨厚而结构复杂的珊瑚礁灰岩;地台区地壳较稳定,升降幅度不大，通常形成厚度不大、结构较简单的珊瑚礁体；地台活化区由于地壳活动性大,个别地段甚至为较深的地堑和海湾，因而可形成较厚的珊瑚礁沉积。

地质时期珊瑚的生长北界不同，在晚侏罗世北界自英国经德国南部、阿尔卑斯山以北、高加索直到帕米尔一带。以后，北界逐渐南移，到第四纪才与现代大体一致。这可能是气候变迁和大陆漂移的结果。石珊瑚目ScleractiniaBourne,1900

蜂巢珊瑚科FaviidaeGregory,1900

扁脑珊瑚属PlatygyraEhrenberg

精巧扁脑珊瑚Platygyradaedalea(Ellis&Solander)

扁脑珊瑚Platygyrasp

蜂巢珊瑚属FaviaOken

标准蜂巢珊瑚Faviaspeciosa(Dana)

角蜂巢珊瑚属FavitesLink

多弯角蜂巢珊瑚Favitesflexuosa(Dana)

秘密角蜂巢珊瑚Favitesabdita(Ellis&Solander)

同星珊瑚属PlesiastreaMilne-Edwards&Haime

曲同星珊瑚Plesiastreacurta(Dana)

多孔同星珊瑚Plesiastreaversipora(Lamarck)

小星珊瑚属Leptastrea

粗突小星珊瑚Leptastreabottae（Milne-Edwards&Haime）

刺星珊瑚属CyphastreaMilne-Edwards&Haime

锯齿刺星珊瑚Cyphastreaserailia(Forskal)

刺孔珊瑚属EchinoporaLamarck

宝石刺孔珊瑚Echinoporagemmacea(Lamarck)

菊花珊瑚属GoniastreaMilne-edwards&Haime

粗糙菊花珊瑚GoniastreaasperaVerrill

滨珊瑚科PoritidaeGray,1842

滨珊瑚属PoritesLink

澄黄滨珊瑚PoritesluteaMilne-Edwards&Haime

普哥滨珊瑚PoritespukoensisVaughan

扁缩滨珊瑚PoritescompressaDana

角孔珊瑚属GonioporadeBlainville

细角孔珊瑚Gonioporagracilis(Bassett-Smith)

斯氏角孔珊瑚GonioporastutchburyiWells

角孔珊瑚Gonioporasp

裸肋珊瑚科MerulinidaeVerrill,1866

刺柄珊瑚属HydnophoraFischerdeWaldheim

邻基刺柄珊瑚Hydnophoracontignatio(Forskal)

梳状珊瑚科PectiniidaeVaughan&Wells,1943

尖孔珊瑚属OxyporaSaville-Kent

撕裂尖孔珊瑚Oxyporalacera(Verrill)

刺叶珊瑚属EchinophylliaKlunzinger

粗糙刺叶珊瑚Echinophylliaaspera(Ellis&Solander)

菌珊瑚科AgariciidaeGary,1847

厚丝珊瑚属PachyserisMilne-Edwards&Haime

标准厚丝珊瑚Pachyserisspeciosa(Dana)

牡丹珊瑚属PavonaLamarck

十字牡丹珊瑚Pavonadecussata(Dana)

叶形牡丹珊瑚PavonafrondiferaLamarck

易变牡丹珊瑚PavonavariansVerrill

铁星珊瑚科SiderastreidaeVaughan&Wells,1943

假铁星珊瑚属PseudosiderastreaYabe&Sugiyama

假铁星珊瑚PseudosiderastreatayamaiYabe&Sugiyama

鹿角珊瑚科AcroporidaeVerrill,1902

蔷薇珊瑚属MontiporadeBlainville

膨胀蔷薇珊瑚MontiporaturgescensBernard

鹿角珊瑚属AcroporaOken

粗野鹿角珊瑚Acroporahumilis(Dana)

多孔鹿角珊瑚Acroporamillepora(Ehrenberg)

佳丽鹿角珊瑚Acroporapulchra(Brook)

石松鹿角珊瑚Acroporaselago(Studer)

鹿角珊瑚Acroporasp

枇杷珊瑚科OculinidaeGray,1847

盔形珊瑚属GalaxeaOken

丛生盔形珊瑚Galaxeafascicularis(Linnaeus)

稀杯盔形珊瑚Galaxeaastreata(Lamarck)

木珊瑚科Dendrophylliidae

筒星珊瑚属Tubastraea

猩红筒星珊瑚TubastreacoccineaLesson

陀螺珊瑚属TurbinariaOken

盾形陀螺珊瑚Turbinariapeltata(Esper)

锥形珊瑚属Balanophyllia

群栖锥形珊瑚BalanophylliageneratrixCairn&Zibtowius

褶叶珊瑚科MussidaeOrtmann,1890

叶状珊瑚属LobophylliadeBlainville

伞房叶状珊瑚Lobophylliacorymbosa(Foskal)软珊瑚目Alcyonacea

软珊瑚科Alcyonidae

短指软珊瑚属Sinularia

短指软珊瑚Sinulariasp

肉芝软珊瑚属Sarcophyton

肉芝软珊瑚Sarcophytonsp

豆荚软珊瑚属Lobophytum

豆荚软珊瑚Lobophytumsp

棘软珊瑚科Nephtheidae

柔荑软珊瑚属Nephthea

柔荑软珊瑚Nephtheasp

软柳珊瑚科Subergorgiidae

软柳珊瑚属Subergorgia

侧扁软柳珊瑚SubergorgiasuberosaPallas

粉灰软柳珊瑚SubergorgiaornateThomson&Simpson

网状软柳珊瑚Subergorgiareticulata(EllisandSolander)

Subgorgiarubra

类尖柳珊瑚科Paramuriceidae

小尖柳珊瑚属Muricella

扁小尖柳珊瑚Muricellasibogae(Nutting)

中华小尖柳珊瑚Muricellasinensis(Verrill)

小月柳珊瑚属Menella

长小月柳珊瑚Menellapraelonga(Ridley)

绒柳珊瑚属Villogorgia

紧绒柳珊瑚VillogorgiacompressaHiles

Villagorgiaantillarum

刺柳珊瑚属Echinogorgia

疏枝刺柳珊瑚Echinogorgiapseudosassapokollker

枝网刺柳珊瑚Echinogorgiasassaporeticulate(Esper)

花刺柳珊瑚EchinogorgiafloraNutting

楞刺柳珊瑚Echinogorgiamertonikunkenthal

鞭柳珊瑚科Ellisellidae

如灯芯柳珊瑚属Scirpearia

细如灯芯柳珊瑚Scirpeariagracilis(Wright&Studer)

黄如灯芯柳珊瑚ScirpeariaerythraeaKukenthal

灯芯柳珊瑚属Junceella

脆灯芯柳珊瑚Junceellafragilis(Ridley)

灯芯柳珊瑚Junceellajuncea(Pallas)

鳞灯芯柳珊瑚JunceellascuamataToeplitz

蕾灯心柳珊瑚Junceellagemmacea(Valenciennes)

丛柳珊瑚科Plexauridae

厚丛柳珊瑚属Hicksonella

厚丛柳珊瑚HicksonellaprincepsNutting

海底柏科Melithaidae

海底柏属Melithaea

赭色海底柏Melithaeaocracea(Linnaeus)

叠叶柳珊瑚属Mopsella

黄叠叶柳珊瑚Mopsellarubeola(Wright&Studer)群体海葵目ZOANTHIDEA

鞘群海葵科Epizoanthidae

皮群海葵属Palythoa

皮群海葵Palythoasp.