根据孢子的形态、大小和遗传特点，孢子可分同形孢子与异形孢子两种类型。

同形孢子指只有一种类型的孢子，它们的配子体一般雌雄同体的。如大部分真蕨类植物为同形孢子，孢子萌发成原叶体既产生精子器，又产生颈卵器；但异形孢子则有大小不同和雌雄分化的二形孢子，它们的配子体一般是雌雄异体的。如裸子植物和被子植物为异形孢子，分为大孢子（即胚珠）和小孢子（花粉）。另外，一些石松类植物如卷柏，水生蕨类如苹也是异形孢子。

孢子的颜色和外壁层次也随种类而异。有的孢子具有三层壁；有的孢子壁分为二部分。